辞职扣两三千工资合法吗

不合法，辞职扣两三千工资违反劳动法。依据《劳动法》，用人单位非法克扣工资，劳动者可申请劳动仲裁维权。不及时处理可能导致权益受损，影响生活。
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不合法。处理方式：1. 与用人单位沟通，要求合理解释扣款原因；2. 若沟通无果，收集证据，如工资条、合同等；3. 向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提交申请书及证据；4. 等待仲裁结果，若不服可进一步提起诉讼。
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常见处理方式为申请劳动仲裁或协商。建议先与用人单位协商，若协商无果，则向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，以法律手段维护自身权益。